Ulaştırma Ekonomisi Araştırma Enstitüsü, Anadolu Üniversitesi bünyesinde 1993 yılında 496 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Rektörlüğe bağlı olarak kurulmuştur. Ulaştırma Ekonomisi Araştırma Enstitüsü’nün adının “Ulaştırma Bilimleri Enstitüsü” olarak değiştirilmesi Bakanlar Kurulu'nca 4/10/2012 tarihinde kararlaştırılmış ve 02 Kasım 2012 tarih ve 28455 sayılı Resmî Gazete’de yayınlanarak yürürlüğe girmiştir. Ulaştırma Bilimleri Enstitüsü alanındaki ilk ve tek enstitüdür.